El objetivo de la UEE era monitorear la calidad del aprendizaje que logran los estudiantes de preescolar, primaria y secundaria en Baja California como parte de una estrategia evaluativa más general e integral que permitiera, al Sistema Educativo Estatal de Baja California, contar con información válida y confiable para retroalimentar la planeación educativa de la educación básica; y a la sociedad bajacaliforniana, así como conocer el estado de avance de la educación básica en la Entidad. En virtud de que la UEE fue una instancia adscrita al Instituto de Investigación y Desarrollo Educativo de la UABC se garantizó su criterio técnico independiente.

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En 2020 se firmó el convenio para la creación de la Unidad de Diagnóstico e Investigación Educativa, entre la Universidad Autónoma de Baja California y el Instituto de Servicios Educativos y Pedagógicos de Baja California. En marzo de 2022 se firmó nuevamente este acuerdo de colaboración con las autoridades educativas del presente sexenio.