Dicha estructura orgánica incluye áreas de trabajo predefinidas con personal adscrito y especializado. Los productos de la UDIE se revisan por un Consejo Académico Especializado (CAE) y un Consejo Consultivo de Retribución Social (CORE). Además, cuenta con el apoyo de personal del SE que funcionará como enlace para coordinar las actividades de la Unidad.

El CAE es un órgano consultivo de orientación en materia de las diversas temáticas que trabaje la UDIE que tendrá como objeto la revisión del avance de los proyectos e informes técnicos de la UDIE; de manera específica, le corresponde:

• Asesorar a la UDIE para el mejor desempeño de sus atribuciones y dictaminar sobre las cuestiones de naturaleza metodológica y académica.
• Conocer y opinar sobre los proyectos de investigación y de desarrollo que se sometan a su consideración.
• Definir políticas y mecanismos para la generación y sistematización de la información derivada de la aplicación de los procedimientos e instrumentos que la UDIE desarrolle.

El CORE es un órgano de consulta que tendrá como objeto la atender el compromiso de difusión de los resultados y establecer mecanismos de comunicación con los organismos y asociaciones de la sociedad para la mejora continua de la educación; de manera específica, le corresponde:

• Conocer el estado que guardan los aspectos académicos de la UDIE.
• Conocer y opinar sobre los proyectos y reportes técnicos de la UDIE.
• Definir políticas y mecanismos para la difusión de la información publicada en los reportes técnicos, así como sugerir a la UDIE los mecanismos idóneos para la comunicación de los resultados de los trabajos desarrollados a los diversos representantes de la comunidad educativa de Baja California y a la sociedad en general.